依照操控对象的不同，洁净室可分内工业洁净室与生物洁净室两大类。工业洁净室首要应用于电子、航天、航空、机械、能源等工业中，而生物洁净 室首要应用于医疗、生物制药、食物、化妆品等事业中。针对两类洁净室，洁净室规划也有不同。

净化对象：

工业洁净室的尘埃、粒子只有一次污染，而生物洁净室的微生物、病菌等活的粒子不断成长繁殖，会诱发二次污染。因而，在洁净室规划中，工艺洁净室应侧重于操控有害粒径粒子浓度，而生物洁净室须侧重于操控微生物的产生、繁殖和传播，一起操控其代谢物。

净化措施：

在洁净室规划中，应为工业洁净室侧重规划初中高三级过滤，而为生物洁净室规划时，首要侧重于过滤和灭菌，消除微生物成长的条件，操控微生物的孽生、繁殖和切断微生物的传播途径。

建筑规划：

工业洁净室首要操控对象是尘埃，因而洁净室规划时，所用的资料不产尘、不积尘、耐摩擦。生物洁净室的首要操控对象是细菌，因而洁净室规划时，所有资料应耐水、耐腐、且不能提供微生物孽生繁殖条件。

检测规划：

洁净室规划时，应为工业洁净室装备粒子计数器，用于检测瞬时尘埃粒子，而为生物洁净室装备培育皿，通过48小时培育，读出菌落数量，而不能测瞬时值。

人流物流规划：

洁净室规划时，须为生物洁净室添加一道灭菌的进程，而工业洁净室则不需求。在人、物品、空气进入生物洁净室之前，都要进行灭菌。而风淋室、洁净服则是洁净室必备的。